艾克斯-馬賽大學的歷史可追溯至1409年由普羅旺斯伯爵路易二世建立的艾克斯大學。 1968年五月革命後，法國公立大學體系改革，後來又發展成為以文學、藝術與人文科學為主的普羅旺斯大學（艾克斯-馬賽第一大學）、以技術醫學、理工為主的地中海大學 （艾克斯-馬賽第二大學）和以經濟管理、法律為核心的保羅-塞尚大學（艾克斯-馬賽第三大學）。 三所大學自2007年起尋求合併，最終於2012年1月1日正式成立並成為後來的共同體（La communauté d'universités et établissements，ComUE）艾克斯-馬賽大學。

大學有五個主要校區，現在是法國規模最大的大學，也是法語國家和地區最大的大學。 三校合併後，艾克斯-馬賽大學成為薩科齊政府領導下建設「超級大學」計畫中的一員，每年獲得法國政府7.5億歐元的撥款，是法國公立大學體系裡獲得教育經費最多的 大學。 馬賽大學擁有數百個研究和教學合作關係，包括法國高等社會科學研究學院（EHESS）和國家科學研究中心（CNRS）。 馬賽大學是歐洲大學協會（EUA）和地中海大學聯盟（UNIMED）成員。

馬賽大學在藝術、文學、科學，法律，政治，商業，經濟等領域產生了許多著名的校友。 迄今，共出現了5位諾貝爾獎得主、2位普立茲獎得主、4位塞薩爾獎得主、數位國家元首或政府首長、議會議長、政府部長、大使和法蘭西學院院士。 在2019軟科世界大學學術排名中，大學居第101-150位，在法國公立大學系統綜合排名第4。